2024赛季的日联杯该赛事将容许日职联、日职乙和日丙三级联赛的共60支球队参加，共分为淘汰赛第一轮、淘汰赛附加赛和淘汰赛正赛三个阶段。与此前的赛制不同的是，新赛季的日联杯完全取消了传统小组赛的赛制，全程都以单回合或两回合较量决出晋级者。根据赛程安排，淘汰赛第一轮将由三级联赛的57支球队（除去本赛季进入亚冠淘汰赛阶段的川崎、横滨水手与甲府）参加，以23赛季的最终排名为依据分为10个小组，组内按联赛级别高低的顺序进行单场淘汰制比赛，最终决出小组头名。此外，如果在淘汰赛第一轮阶段有低级别球队对阵高级别球队的比赛，比赛场地则默认为低级别联赛球队的主场。淘汰赛附加赛的参赛队伍为第一轮杀出重围的十支球队，经过抽签后，十支球队两两一组进行主客场两回合较量，最终决出进入淘汰赛正赛的五个名额。淘汰赛附加赛阶段不计客场进球，如若两回合总比分战平，则通过加时和点球的方式决出胜负。淘汰赛正赛的参赛队伍为附加赛获胜的五支球队加上川崎、横滨水手与甲府三支球队。1/4决赛与半决赛均采取两回合主客场比赛的赛制（不计客场进球），决赛则是与以往一样在中立场地一场定胜负。