日本天皇杯参赛队伍为所有日本足协成员球队（J1联赛、J2联赛、大学球队和业余球队），赛事共分7轮进行；J1、J2联赛球队从六十四强开始参加，赛事均采取一场决胜负的淘汰制，倘若90分钟打平进行加时赛，加时赛打平则以互射点球分胜负；决赛于中立场进行，90分钟打平进行加时直至点球决出冠军。