日联杯的赛制由小组赛和淘汰赛组成，参加当年亚洲冠军联赛的四支球队小组赛轮空，直接晋级日本联赛杯八强，其余J1联赛的14支球队被分成2个小组进行单循环比赛，最后按积分高低排名，若积分相同则依次以净胜球、进球数和胜负关系决定排名，每个小组的前二名晋级八强；八强和半决赛采取两回合主客场淘汰制，如果两回合总计入球数相同则计算客场入球，若仍未能分出胜负则须加时再决胜负，倘若加时赛打平则以互射点球分胜负；决赛于中立场进行，90分钟打平进行加时直至点球决出冠军。
2018赛季执行新赛制，16支球队将分为4个小组，每组4支球队，包括了日职联除亚冠球队之外的14队和日乙的甲府风林、新潟天鹅 。小组赛为主客场双循环赛制，总共有6轮，每个小组前两名晋级。8支出线球队将两两角逐出4支胜者，然后与亚冠球队过招，产生本届赛事的4强。除最终决赛以外，其余淘汰赛都是双循环主客场制。